Елена Попова е родена във Варна. Завършва изкуствознание в Художествената академия през 1983. Работи в Института за изследване на изкуствата при БАН от 1991. Професор в катедра „Църковни изкуства“ на Православния богословски факултет на ВТУ „Св. св. Кирил и Методий“, където преподава от 2004. Чете лекционни курсове по иконография и история на изкуството в Православния богословски факултет и Факултета за изобразително изкуство на Великотърновския университет. Била е главен редактор на списание „Слово и образ“. Участвала е в организирането на поредица от научни форуми. Автор е на няколко монографии и десетки студии и статии. Била е стипендиант на американската фондация „Пол Гети“.